北卡罗来纳大学基因组学核心设施和资源
内容
这些页面按重点领域列出了我们的核心设施。这些是岩心的简要概况;要了解每个核反应堆的更详细信息，包括位置、联系信息和设备清单，请查看我们的清单中的设施概述检索数据库．
UNC提供了基于基于基因组的全谱。来自多个微阵列平台，UNC的多个高通量测序系统，实时PCR和原位杂交支持，具有高技能的核心设施，可以满足大多数需求。
基因分型
功能基因组学的核心
功能基因组学的核心提供表达分析和SNP基因分型(Affymetrix)服务。目前，我们拥有Beckman Coulter公司的Biomek®FXP目标Prep Express机器人和Affymetrix公司的GeneTitan仪器，可以在一周内处理数百个微阵列样品，以及处理高通量表达peg阵列和Axiom基因分型高通量peg阵列。此外，我们的核心是Affymetrix genchip®Scanner 3000 7G Plus靶向基因分型系统。它能够扫描Affymetrix制造的所有研究阵列，包括将整个基因组放在一个genchip®上的高密度表达阵列。该设备包括2个Fluidics站450和genchip®混合烘箱645。
哺乳动物基因分型核心
哺乳动物基因分型核心提供使用任何Illumina微阵列（BeadChips）进行基因分型、CNV分析或DNA甲基化的服务。
表达分析
胃肠道生物学和疾病中心（CGIBD）：高级分析核心
这CGIBD高级分析(AA)核心提供散装和单细胞基因组和蛋白质组学分析，高通量QPCR和具有成本效益的免疫测定。AA核心提供了转向关键的研究解决方案 - 为我们带来样本，我们向您发送处理数据。每个项目都始于初步咨询，讨论实验设计和可行性。用户在完成工作后以电子方式获得结果，并可通过基于云的报告跟踪其项目的进度。AA核心还提供终端用户数据分析的帮助。
功能基因组学的核心
功能基因组学的核心提供表达分析和SNP基因分型(Affymetrix)服务。目前，我们拥有Beckman Coulter公司的Biomek®FXP目标Prep Express机器人和Affymetrix公司的GeneTitan仪器，可以在一周内处理数百个微阵列样品，以及处理高通量表达peg阵列和Axiom基因分型高通量peg阵列。此外，我们的核心是Affymetrix genchip®Scanner 3000 7G Plus靶向基因分型系统。它能够扫描Affymetrix制造的所有研究阵列，包括将整个基因组放在一个genchip®上的高密度表达阵列。该设备包括2个Fluidics站450和genchip®混合烘箱645。
Vironomics核心
这Vironomics核心通过进行大规模实时定量PCR反应、扩增子生成和~200-600bp的下一代测序，促进了北卡罗来纳大学的研究。这是通过Ion Torrent S5, companion Ion Torrent Chef和机器人辅助PCR在96和384孔格式完成的。
病毒组学核心目前为病毒和miRNA分析提供了几种实时qPCR阵列，包括：KSHV、EBV、HSV1和HSV2、RRV、HCMV、NFkappaB、前miRNA和P53response12。独特的自动化机器人技术还使病毒组学核心能够为客户提供定制和商业实时PCR分析。
病毒经济学核心使用了几个自动化的机器人进行大规模的实时PCR。特康自由超能力者©用于在384孔板中建立反应，然后由罗氏Lightcycler 480 II运行©．这是一种快速有效的RT-qPCR扩增样品的方法。
测序
高通量测序设备
这高通量测序设备应用高通量测序技术来丰富UNC科学家的癌症研究。高通量测序是一项发展极为迅速的技术，应用于许多领域，如基因组测序、基因组重测序、芯片测序、cDNA测序、数字表达和microRNA丰度。
HTSF是一家提供全方位服务的测序机构，提供多个平台和几种不同的最先进的技术，以协助遗传和基因组研究。这些平台包括:Illumina的MiSeq, HiSeq2500和HiSeq 4000, Ion Proton和PacBio RSII。
基于基于基因组的申请包括：c全基因组重测序，包括个体基因组的综合多态性和突变发现;目标基因组重测序，包括目标多态性和突变发现;ChIP-seq(染色质免疫沉淀-测序)用于蛋白质- dna相互作用的全基因组图谱;小RNA序列;转录组测序以量化基因表达和选择性剪接、转录注释和发现转录SNPs或体细胞突变;亚硫酸氢盐处理的DNA测序，以测定甲基化DNA的存在;和宏基因组测序。HTSF使用多个自动化机器人平台进行大规模的图书馆准备工作，以确保图书馆准备工作的重现性和质量。新的HTSF研发小组将与研究人员合作，开发高通量测序的新应用，并为测试处于beta开发阶段的文库准备试剂盒和评估新的测序或基因组绘图技术提供机会。
转化基因组学实验室
这北卡莱因伯格综合癌症中心翻译基因组实验室(TGL)是一个中等通量设施，通过使用下一代测序(NGS)和NanoStringTM技术为研究人员提供全面的基因组服务。此外，TGL可以利用10X平台生成单细胞基因表达库。TGL的任务是支持北卡罗莱纳大学教堂山分校的转译人类癌症基因组学研究。在临床前研究项目和临床方案中，TGL设施对患者来源的标本进行样品处理和分子、病理和基因组特征分析。我们的实验室采用高度自动化和手动的平台，用于可重复的中通量核酸提取、文库制备和下一代组织、细胞和血液样本测序。我们的目标是提供一种资源，平衡严密性和灵活性，以满足学术和临床研究的需求，并最终产生优化和验证的流程，供临床实验室采用。
UNC微生物组核心设施
UNC微生物组核心设施为UNC医学和北卡罗来纳州的研究界提供了北卡罗来纳州的设施和专业知识，以表征复杂的微生物社区在各种环境中。微生物核心提供综合服务用于微生物组分析，包括使用适当的Illumina或生命科学平台和生物信息学分析的实验设计，分离核酸（DNA / RNA），条形码，文库制备和测序。核心提供的其他服务包括：定量和数码PCR，克隆文库的产生，菌株键入，细菌培养条件的优化，以及高通量液处理（PCR反应设定，样品合并，核酸的Picogreen定量）。
Vironomics核心
这Vironomics核心使用离子Torrent S5和Companion离子Torrent Chef进行下一代测序，并通过执行大规模实时定量PCR反应（请参阅表达式分析部分）。
遗传学
人类多能细胞核心设施
这人类多能细胞核心设施为北卡罗来纳大学的科学家和外部合作者提供服务，成功地利用人类胚胎干细胞(hES)细胞和人类诱导多能干细胞(hiPS)细胞进行基础研究和转译研究。
可提供的服务和支持类型:
细胞衍生和特性服务:使用无整合方法从成纤维细胞、血细胞和其他定制细胞类型生成和特性hiPS细胞。hES和hiPS细胞分化为神经祖细胞、成熟神经元、心肌细胞、肝细胞、间充质干细胞、成骨细胞、脂肪细胞和内皮细胞。
哺乳动物细胞基因组编辑:为基因敲除和敲入的TALEN/CRISPR载体的设计、构建和测试提供咨询和全面服务。TALEN/ crispr介导的点突变引入和/或修复，以创建同基因细胞系和自定义目标向量与TALEN或CRISPRs结合使用，用荧光蛋白标记内源性基因。
基因调节服务;该核心提供全方位服务，包括任何哺乳动物细胞类型的设计，施工和测试基因的人工基因调节器，由ZFP组成，与活化剂，阻遏物或染色质重塑酶结合。
RNAi筛选设备
这RNAi筛选设备为北卡罗来纳大学的科学界提供了一种技术，以执行基于细胞的筛选，并定义人类基因组中每个基因对特定表型的贡献。RNAi介导的基因表达抑制是识别基因及其同源表型的一种强有力的方法，基因表达的缺失会改变细胞的表型。RNAi HTS设施管理着一个来自Dharmacon的人类基因组siRNA库，由约84,500个siRNA靶向21125个基因组成(Ref Seq数据库v5.0-8.0)。
该设施将免费提供人类基因组siRNA文库，在384孔微孔板上执行文库的机器人定位，指导屏幕开发，支持用于屏幕开发的仪器以及一、二次屏幕的实施。设备包括Biomek FX微孔板的格式和标记，BMG Pherastar FS多功能平板读卡器，BioTek液滴系统(2)，Cellomics高含量筛选显微镜，组织培养罩和培养箱(2)，组织培养显微镜，以及screenenable软件包，该软件包提供了一个高性能工具包，用于跟踪和分析微量滴定板中的生物筛选。
UNC向量核心
UNC向量核心向学术、政府、基金会和生物技术行业客户提供最高质量的AAV载体(仅研究级别)。
其他基因组学
生物信息学与分析研究合作
这生物信息学与分析研究合作在Chapel Hill的北卡罗来纳大学是一个多学科的中心，旨在为大学的研究人员提供生物信息学专业和分析，以及超越高吞吐量数据。我们分析，可视化，解释和管理基因组数据，同时还提供定制解决方案来满足我们的研究人员的需求。此外，该中心致力于通过托管研讨会，工作组和研讨会培养协作环境，并通过改善现有工具和/或发明新工具和算法，促进研究人员。
我们提供免费的初步咨询，在此期间我们讨论了客户的项目以及如何确保他们能够最大限度地提高他们学习的信息。之后，根据项目的规模，我们通过时间或工作人员提供服务，以获得超过六个月的项目。每个项目都分配给项目协调员和生物信息管理员。项目协调员是客户的联系人，负责更新其项目状态。
Lenti-shRNA和Lenti-cDNA核心设施
这Lenti-shRNA和Lenti-cDNA核心设施在三个图书馆前提：慢病毒载体的人cDNA文库以上表达人类基因（在CMV启动子的控制下）和两种开放的生物系统的TRC1 shRNA文库（以敲低小鼠或人类基因）。ShRNA文库作为单慢病毒 - 载体shRNA表达克隆编目，指向〜16,000人和小鼠基因。每个基因由由U6启动子驱动的4-5种不同的SHRNA靶向。此外，可以获得轴承扰动的SHRNA或针对GFP的SHRNA的对照载体。请注意，ShRNA的击倒效率尚未验证。ShRNA核心为甘油细菌储备或载体颗粒制剂（〜10ml）形式提供慢病毒ShRNA载体。ShRNA核心还提供咨询设计和优化ShRNA编码的慢病毒载体。根据要求，核心还可以为ShRNA递送提供替代平台，采用各种启动子和其他顺式元素来改善ShRNA表达。
UNC的生物信息学中心
UNC的生物信息学中心为北卡罗莱纳大学的研究人员提供生物信息学研究支持。作为任务的一部分，我们管理和维护UNC-CH许可的几个商业软件包的许可。这些软件包包括用于实验分子生物学(Sequencher, DNASTAR和Vector NTI)、下一代测序数据分析(CLC Genomics Workbench)和微阵列数据(Partek Genomics Suite)的软件。我们还提供访问(和管理)UNC-CH的独创性路径分析(IPA)许可证。这些工具在多个操作系统上都受支持。我们与it研究计算密切合作，为生物医学研究人员提供大型计算资源。我们预装、维护和更新许多开源软件包，用于分析it - rc计算集群上的下一代数据。在集群上提供BLAST数据库的本地副本，并每周更新。
我们全年提供不同生物信息学工具/主题的“实践”培训。基本生物信息学工具工作坊(https://guides.lib.unc.edu/bioinformatics)，每年春季和秋季学期与健康科学图书馆合作提供。它们包括多个两小时的会议，分散在几周内。这些研讨会的视频记录被创建并保留(根据要求)以您自己的节奏学习。每年提供两次关于下一代序列数据分析的三个全天密集讲习班。我们还管理UNC-HTSF的信息技术基础设施。这包括为大多数项目处理、质量控制、分发和备份由UNC-HTSF生成的所有序列数据。