长阅读技术
牛津纳米孔
在高通量测序中心，我们的目标是为北卡罗来纳大学的研究社区提供前沿测序平台。为此，我们在GridION平台上提供牛津纳米孔测序。
牛津纳米孔技术公司提供天然DNA或RNA的直接测序，或用PCR扩增的样本。纳米孔测序可以读取任何长度的DNA/RNA，从短到超长。它适用于从头组装、脚手架和整理、连接重复区域、结构变异、snv和相位、靶向测序、RNA分析、宏基因组学和表观遗传学等应用。
- 一个MinION流细胞可以产生长达2 Mb的读取数据，并提供高达10 Gb的测序数据
- GridION一次可以运行5个小黄人流单元
- 没有固定的运行时间;用户可以在短时间或长时间内运行任何系统，因为数据是实时流
牛津纳米孔公司独特的直接分子测序平台是基于聚合物膜上的蛋白质纳米孔。电流通过纳米孔，当DNA/RNA通过纳米孔时，检测到电流中断。
DNA测序:一条DNA链通过一个纳米孔。当G、A、T、C碱基以不同的组合通过孔时，电流发生变化。
牛津纳米孔可以产生超长的读序列，受DNA长度/质量的限制。在我们的手中，我们经常生成100kb的读取>。有很多应用，包括:
- 快速识别序列
- 利用长阅读改进基因组组装
- cDNA全长RNA转录本分析(PCR和无PCR)
- RNA分子的直接测序
- 宏基因组分析
- 结构变异检测
- 复杂区域的拷贝数检测
要了解更多关于HTSF的牛津纳米孔测序，请阅读我们的白皮书或联系Piotr MieczkowskiPiotr_Mieczkowski@med.unc.edu或者塔拉·斯凯利tskelly.unc.edu．
Bionano基因组学
HTSF还提供光学测绘与Bionano Saphyr仪器的介绍。光学映射可以探测到从500 bp到兆比特酶对长度的大规模结构变化。结构变异是许多疾病的原因，包括癌症和发育障碍。一个Saphyr流池可以产生高达1300gb的数据。
应用程序:
- 癌症基因组的结构
- 细胞系的结构变异
- 基因组从头组装
- 遗传疾病
- Cytogenomics
- 农业
| 关键应用程序 | 全基因组结构变异和从头组装的光学映射 |
| 平台 | Saphyr |
| Flowcells处理 | 1片2流细胞 |
| 深度 | 高达1300英镑/流细胞(1300英镑仅推荐用于混合人群癌症。对于标准的人类基因组，建议600英镑) |
| 运行时 | 直到它到达数据目标(通常少于24小时)或长达36小时 |
| 车道/ flowcell | 1 |
请注意:
- 这是光学映射而不是排序(https://bionanogenomics.com/products/saphyr/)．
- 用一种酶(DLE-1)处理DNA，这种酶用荧光标记标记基因组中的某些DNA序列，然后对DNA进行染色。
- 该系统绘制DNA分子的长度(10万bp到Mbps)和标签所在的位置，创建一个标签模式。
- 将这些分子结合起来，就有了空间来绘制样本的整个基因组图谱。
- 参考是数字标记的标签预期，并允许它跟踪样品中的任何重排。它也可以用来搭建测序数据。
- 如欲了解更多有关HTSF光学制图的信息，请与Piotr Mieczkowski联系Piotr_Mieczkowski@med.unc.edu或者Ewa Malcewa_malc@med.unc.edu
PacBio续集
北卡罗莱纳大学与NCSU基因组科学实验室(GSL)合作，以与你在北卡罗莱纳大学校园测序相同的内部成本使用他们的PacBio Sequel。有关更多信息，请参见GSL网站
PacBio系统采用单分子实时(SMRT)技术，无需扩增。通过连接发夹适配器，提交的DNA作为测序反应的直接模板，创建一个圆形模板。实时测序在这个圆形模板上连续发生，产生超长的读取长度和高的一致性精度。这些优点使PacBio Sequel成为精确调用SNPs和通过cg丰富区域进行测序的强大工具。
有关更多信息，请参见PacBio网站
PacBio Sequel产生高达30 kb的序列读取，数据输出比RS II多7倍。Sequel系统是快速和经济有效地生成高质量的全基因组从头组装，并促进全长度转录组测序(IsoSeq)工作的理想选择。每个SMRT Cell的典型数据输出为5- 8gb。
为项目报价，问题和咨询
联系GSL主任David (Andy) Baltzegar博士
(919) 513 - 0738(周一至周五下午4时30分)
dabaltze@ncsu.edu
有关向GSL提交项目的说明，请浏览https://research.ncsu.edu/gsl/sanger-sequencing/how-to-submit-a-project/