收紧计算器宏
作者:罗伯特·Bagnell (bagnell@med.unc.edu)， UNCCH SOM病理学和实验室医学MSL
历史:2012年1月:第一版
要求:ImageJ 1.44C或更新版本
来源:FRAP_Calculatorv3.ijm
安装:下载FRAP_Calculatorv3到ImageJ插件或宏文件夹并重启ImageJ。将宏放置在插件文件夹中将导致宏出现在插件菜单中。宏getStatusXYv5。ijm是必需的，并且必须在ImageJ宏文件夹中。如果相机暗噪声和阴影校正被打开，需要另外三个插件:Stack_Average_16, FRAP_Calculator_Names和Shading_ Corrector。这些插件必须也在ImageJ plugins文件夹中。
描述:收紧Calculatorv3。ijm宏计算了光漂白实验后荧光恢复的流动部分、固定部分和半时间。在计算之前，它纠正了光漂白的数据，这是只做成像过程和光漂白曲线归一化到第一个预漂白数据点。在默认模式下，mcaro不会对相机噪声或阴影进行修正。但是，可以通过删除宏代码中的注释标记来打开这些更正。强烈建议，如果有一个扩展到整个FRAP堆栈的背景的自由区域，应该使用ImageJ宏Subtract_Measured_Background.txt进行背景校正。
计算是根据Rabut和Ellengerg在活细胞成像实验室手册第7章，Ed. Goldman和Spector，冷泉港实验室出版社2005,ISBN 0-87969-683-4。
宏的数据是一个12位或16位的延时堆栈，其中一些图像在光漂白剂之前，一些图像在光漂白剂之后。宏要求你使用ImageJ绘图工具对被photo漂白的区域进行选择。然后使用imageJ命令Plot z轴配置文件创建一个光漂白曲线。然后宏要求用户选择第二个区域进行图像校正。如果对凝胶成像，这个区域可以是整个图像;如果对亚细胞区域进行光漂白，则可以是单个细胞的图像。宏根据用户选择的区域创建一个新图。这些数据随后用于校正由于成像标本的光漂白，并将光漂白数据归一化到第一个时间点，以使实验之间的比较。
在FRAP计算器宏中，必须输入图像之间的毫秒间隔(默认为100)。用户需要点击校正的FRAP曲线的预漂白剂和稳定的后恢复部分。结果显示在“日志”窗口中。
宏需要标准大小的绘图窗口。你可以在ImageJ中选择Edit/Options/Plot Profile Options，并确保宽度设置为450像素，高度设置为200像素——这是默认的Plot大小。宏getStatusXYv5。Ijm是与情节互动所必需的。
FRAP计算器宏也可以对相机的暗噪声+阴影进行校正(它们被放在一起)。阴影+噪声可以通过删除/***和***/标记来打开，这些标记围绕着这部分代码。(要查看和编辑代码，请删除FRAP_ Calculatorv3。ImageJ上的ijm文件)它们都需要一个额外的图像堆栈，称为“DARK”和“SHADE”。两个堆栈的x、y和位深应该与FRAP堆栈相同。两个栈都应该在FRAP栈制作的时候制作。黑暗是一堆没有光线进入相机的图像。SHADE是一堆图像，使用均匀的荧光，不可漂白的标本。SHADE中的像素强度应该在12位范围内的400范围内。
阴影+黑暗需要插件Stack_Average_16和阴影校正器。
为了方便起见，可以用插件FRAP_Calculator_Names代替打开的“wait for User”命令来输入Shade和Dark堆栈的文件名。如果您这样做，请确保注释掉waitFor User和rename(“FRAP”)命令。
所有这些宏和插件都可以在网址m.peseonline.com/microscopy的zip文件FRAP Calculator Package.zip中找到。
日志表值:
Fpre =光漂白前的y值
Fpost =光漂白后的y值
挡=恢复曲线稳定的y值
Tpost = Fpost发生的时间
half =一半恢复发生的时间
移动率=曲线下面积的百分比
固定比例=曲线上方面积的百分比
半场时间=达到完全恢复的一半所需的时间
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