保存和打开数据文件
内容
一般建议
如果存在保存元数据的文件格式，请使用它。元数据是关于数据的数据，在这里通常指的是获取设置。用元数据保存文件将允许你自动记录所有这些采集设置，并重用它们。当你试图确保实验的再现性时，这是非常有用的。
永远不要将图片保存为jpeg格式。这种文件格式适用于亲人、可爱的动物和美丽的日落的照片，但不适用于科学数据。除了丢失所有详细描述你如何拍摄照片的元数据外，你还将以一种“有损”的方式压缩数据，这意味着它将被不可逆转地修改和降级。
针对不同软件和范围组合的具体建议:
蔡司(LSM700, LSM710):
使用czi格式。这保留了图像获取的元数据，让你重新使用设置，可以被我们的反卷积软件(Autoquant)很好地读取，可以在斐济打开，它的元数据可以被蔡斯的免费软件(Zen lite black)在Windows 10上正确读取。虽然FIJI可以访问.lsm或.czi文件的元数据，但其格式使其难以读取。
Volocity (BX61 - Neville, IX81 - Luna)
Volocity不保存图像元数据，因此您需要自己记录用于获取数据的条件(曝光、增益、偏移、分块、通道、BX61上的ND过滤器、IX81上的LED电源)。有关应该跟踪的设置的更多信息，请联系MSL工作人员或阅读我们的指导方针。
使用Retiga相机获取的图像(彩色)
保存图像为TIFF格式。确保你点击了“选项…”按钮，并确保点击了“Convert to RGB for publication”，取消点击了“Scale”。每次保存一个文件子集时都必须这样做，因为如果不每次都这样做，即使保存选项没有被修改，软件中有一个bug会导致错误地保存图像。为了得到最好的结果，平场你的亮场图像。可以找到这样做的指令和宏链接在这里．
使用滨松相机获取的图像(荧光)
以OME-TIFF格式保存图像，而不是TIFF格式。如果您将使用这些图像在斐济进行测量，和/或在演示或论文中显示，我们已经编写了Volocity到斐济转换宏，可用在这里．
如果要解卷积Volocity (BX61)中获得的z堆栈，首先使用Imaris文件转换器将它们转换为Imaris文件格式，然后在Autoquant中打开它们，这会更容易一些。
变形金刚(IX81 - Luna, IX70 - Neville):
当您保存一个文件时，它将在多维实验中为每个通道、时间点和位置保存单个TIFF文件。如果您正在进行Z堆栈，那么每个保存的文件都将是一个包含多个Z切片的超堆栈。除了所有这些文件，软件还会保存一个“。当你按下“获取”按钮时，你就会打开“文件”。这个nd文件非常重要，所以请确保将它与其相应的数据集放在一起。如果将nd文件拖放到FIJI中，FIJI将读取该文件并将实验数据正确地组织到具有适当尺寸的超栈中。此外，nd文件可以由我们的反卷积软件(Autoquant，但请参阅下面的说明)以及Imaris文件转换器读取。
如果您有许多位置和时间点，您可能会发现使用宏将数据重新组织为单个超栈(每个位置一个)更容易进行后续分析。如果你需要这样做，请向MSL工作人员寻求帮助。
要保存所有设置，请确保在进行多维获取时保存“状态”文件。
Metamorph文件的反褶积注意事项:Metamorph中有一个bug，某些类型的获取会导致文件名与nd文件信息不匹配，并且不能在Autoquant中正确读取。请向MSL的工作人员询问我们编写的脚本，这将允许你解决这个问题。
Volocity (IX70 - Moody)[已退休]:
注:该显微镜已于2021年7月退役。这里提供的信息仅供参考。
将图像保存为ome - tiff格式。如果您将使用这些图像在斐济进行测量，和/或在演示或论文中显示，我们已经编写了Volocity到斐济转换宏，可用在这里．
高级检查员(超显微镜II -斯内普):
确保开启自动保存选项。数据将保存在一个文件夹中，其中有许多OME-TIFF文件，每个通道、Z位置和位置都有一个文件。不要从文件夹中删除任何这些文件，也不要将任何文件放入此文件夹，以确保适当的元数据保留。注意，元数据将被写入对应于每个通道和位置的第一个Z位置的图像文件。
您需要自己记录所有元数据:激光功率、光片NA、光片宽度、通道、光片边数、光片数量、Z间距、曝光、平铺位置重叠(如果适用)、裁剪(如果适用)。
如果你在做一个大的平铺，不小心点击了Z位置的“分割”设置，MSL已经编写了一个宏来对结果元数据进行排序(如果你不重新组织数据，每个Z位置将被解释为一个不同的通道)。如果你需要的话，请告诉我们。
cellSens (IX70 - Moody)[已退役]:
注:该显微镜已于2021年7月退役。这里提供的信息仅供参考。
保存为。vsi格式。注意，这会产生一个带有元数据的vsi文件、一个文件夹和该文件夹中的一个.ets文件。
只要您将所有文件放在一起，元数据就会被保留，因此请确保您不会在移动某些文件时遗漏其他文件。要在斐济打开。vsi文件，使用File/Import/Bio-Formats。将.vsi文件拖到斐济将不起作用。将.ets文件拖到斐济将加载文件和元数据，但名称将是一个通用名称(如frame_t_0.ets)，而不是您用来保存图像文件的名称。
Autoquant(工作站- Minerva):
将输出以Bitplane .ims文件格式保存。对于在IX81或IX70上拍摄的图像，使用32位浮点选项;这对于在图像之间进行适当的强度比较是绝对关键的．对于在其他作用域上拍摄的图像，可以使用32位浮点数或16位无符号整数。这些格式可以通过Imaris打开，因此对于3D分析非常有用。它们还可以被斐济读取，并生成一个文件。其他格式的结果是多个文件，和/或不那么方便的格式。
MSL可以提供在批处理模式下使用Autoquant的说明，这将大大加快许多文件的反褶积。