服务和利率
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高吞吐量测序
16S RRNA扩增子测序
16S核糖体基因中靶标可变区(V3-V4)的测序可以确定微生物复杂群落的细菌组成。所提供的数据包括属/种水平上分类单元的相对丰度、alpha和beta多样性计算以及显著超过或不足代表群体的基本分析。
全基因组霰弹枪测序
![](http://m.peseonline.com/microbiome/wp-content/uploads/sites/1217/2021/01/16s-rna-sequencing-1.png)
与16S rRNA测序相比,WGS测序可生成整个微生物群落的高深度序列数据(每个样本>10M序列),用于更高分辨率的分类表征,提供物种/菌株水平的信息和群落功能潜力(酶途径和基因家族)。WGS也可以应用于分离的微生物菌株,以生成基因组测序数据。
RNA序列
全社区元转录组学从社区成员中积极表达的基因中生成测序数据。RNA测序还可以用于靶向宿主特异性因子,或在培养中描述单个细菌菌株表达的变化。
浅WGS测序
![](http://m.peseonline.com/microbiome/wp-content/uploads/sites/1217/2021/01/rna-sequencing.png)
在较低测序深度(每个样品读数> 1M读数)下进行全基因组霰弹枪(WGS)测序是一种经济有效的方法,用于获取复杂微生物社区的更丰富成员的物种/应变级别分类特征。通过在较低深度测序,测序成本降低,但这将降低准确评估低丰度社区成员的身份或潜在功能的能力。这种方法被提供为WGS测序的较低成本替代,同时提供比标准16S rRNA扩增子测序更高的分类学深度。
测序请求表格
定量pcr (q)
标准qPCR
该方法是基于存在于所有细菌中的保守的16S rRNA基因(一份来自肠道细菌的16S rRNA序列的综合列表已经被储存和分类在核糖体数据库项目二)。通过计算保守的16S rRNA基因的数量,QPCR可以间接指示给定样品中存在的细菌数量。另外,可以鉴定16S基因可变区的序列的QPCR寡核苷酸探针(引物)的适当设计允许从不包括所有其他细菌的特定细菌中扩增基因,同时使QPCR成为量化特异性细菌的有用工具复杂的微生物群落。
Fluidigm Access阵列靶向高通量qPCR
![](http://m.peseonline.com/microbiome/wp-content/uploads/sites/1217/2017/09/RealTimePCR_Analysis_ug_68000088-150x150.jpg)
使用流体动态阵列配对的BioMark™系统是大规模实时QPCR的有效解决方案。纳米流体芯片含有流体网络,可以使用一组测定自动组合一组样品。这种实时QPCR的创新解决方案远远超出了微量滴定板的可能性,并且显着降低了液体处理步骤的数量和每次反应的体积。
该技术扩展了传统实时PCR的应用边界。与实时PCR相比,该平台实现了绝对定量,无需使用标准曲线和参考样品,允许对各种应用中的单个DNA分子具有更高的准确性。
qPCR分析服务申请表
该系统中使用的芯片包含20,000个个体井,通过将标准PCR反应分配成数千个单独的PCR反应来制造。这些分区的一部分含有靶分子,而其他分区不会导致正和负反应。扩增后,负反应的分数用于量化样品中的靶分子的数量,无需参考标准或对照。
我们提供数字PCR服务QuantStudio 3D™数字PCR系统从ThermoFisher科学。这是一个基于芯片的数字PCR平台。与液滴数字PCR相比,该反应是在芯片的井中而不是在液滴中进行的,移液步骤更少,减少了交叉污染的可能性。
应用程序:
- DNA分子的绝对定量
- 病原体检测和载荷测定
- 转基因生物检测和污染评估
- 下一代测序的库量化
- mRNA和miRNA表达低倍变化的特征
- 罕见癌突变量化
- CNV检测
优点:
- 数字PCR不依赖Ct值来定量拷贝数,因此,生物样品之间的PCR效率差异不大可能影响定量结果。
- 数字PCR不依赖标准曲线进行绝对定量。
- 数字PCR对粗样品中存在的PCR抑制剂的敏感性要低得多。
咨询和研究支持
包括:
- 样本基因组DNA分离
- 质粒和病毒核酸的分离
- RNA孤立
- 应变打字
- 细菌培养条件的优化
- 高通量液体处理(PCR反应建立、样品汇集、微绿核酸定量)
AMC文化收藏
通过高通量测序,对宿主相关和自由生活的微生物群落的结构和功能的理解有了很大的进展。随着这一领域从关联性研究转向机械性和介入性研究,获得经过验证的、可靠的生物材料和相关信息变得至关重要。与胃肠生物学和疾病中心合作(CGIBD.)高级分析核心(AAC格式)和卡罗莱纳捐助者服务(cd),在北卡罗来纳州和弗吉尼亚州77个县的联邦指定器官采购组织为77个县,微生物组核心分离,特征和保存超过500人分离物和医疗和科学相关性的参考益生菌。
的AMC文化收藏加入我们目前的微生物组分析服务,为需要特定细菌组和/或功能的微生物组研究提供特征明确、活性和可行的菌株。联系我们在microbiome@med.unc.edu询问更多信息或咨询。
新服务:
- 应变/财团要求:该服务为研究提供具有良好特征的人类分离物和参考益生菌。冻干,生理活性或甘油库存可以提供要求。
- 菌种提交储存和保存:研究人员可以提交相关菌株进行长期储存和保存。服务可包括菌株鉴定(抗生素耐药性、碳水化合物利用和基因组测序)。
- 菌株的激活和培养:该服务包括在生理学上适当的条件下激活细菌培养物。根据要求,核心将在液体或固体介质中提供培养物。